Deducciones I+D+i: El TS confirma que los informes motivados son vinculantes para la AEAT

Los casos de autos versan sobre la forma en la que la AEAT impugnó y justificó la improcedencia de aplicar la deducción por inversiones en actividades de innovación tecnológica (IT), consistentes en desarrollo de software y aplicaciones informáticas, a pesar de que los contribuyentes habían aportado los respectivos informes motivados vinculantes para acreditar la naturaleza innovadora de sus desarrollos. La AEAT había sostenido la negativa a reconocer los gastos integrados en la base de la deducción sobre la base de la consideración de que los gastos destinados al desarrollo de software y aplicaciones informáticas no son aptos para la deducción por actividades de IT, y soportando dicha conclusión en un informe emitido por el Equipo de Apoyo Informático de la Delegación de Grandes Contribuyentes (EAI), es decir, una dependencia interna de la AEAT.   

Tras analizar la redacción del artículo 35 TRLIS (aplicable ratione temporis a los casos de autos) y la remisión que dicho artículo hace a los informes motivados emitidos por el Ministerio de Ciencia e Innovación, así como la normativa reguladora de la emisión de dichos informes motivados (que define la naturaleza y fuerza vinculante de los mismos, así como la competencia del Ministerio de Ciencia e Innovación para realizarlos), y a la resolución de la Presidencia de la AEAT del año 2005 (que incluye al EAI como parte de la Delegación de Grandes Contribuyentes), el TS concluye que:
 

• Atendiendo a su cualificación técnico-científica y funciones, los verdaderos expertos en la determinación de las actividades que constituyen innovación tecnológica de la que surge la deducción fiscal son los expertos que integran el Ministerio de Ciencia e Innovación; y que es la misma ley la que parte de esa presunción iuris et de iure cuando le reconoce al informe motivado que ellos emiten un carácter vinculante para la Administración tributaria.

• Aunque el alcance y contenido obligatorio de la expresión “vinculante” del art. 35.4 TRLIS puedan ser objeto de interpretación y matices, no es aceptable que la AEAT, mediante un informe interno de la misma Administración, contradiga lo acreditado como IT por quienes son los verdaderos expertos en la calificación de qué ha de entenderse por innovación tecnológica.

• La competencia de la AEAT en materia de inspección y control versa sobre la constatación de la realidad de los gastos, su adecuado reflejo contable, y su relación con los proyectos examinados, pero no la autoriza a cuestionar, aunque sea indirectamente por la vía del rechazo de los gastos incluidos en la base de la deducción, la calificación del proyecto como IT.

• Con acierto resalta el TS que las competencias atribuidas al EAI son “investigar y analizar la estructura de los sistemas informáticos y de las bases de datos y sus movimientos” con el objeto de descubrir “datos ocultos”, por lo que, a ojos del TS, no es un órgano especializado en la calificación de qué proyectos son susceptibles de ser considerados proyectos de I+D o IT.

• El TS resalta igualmente que el informe del EAI fue recabado por el equipo actuario e incorporado al acta de inspección sin que haya mediado una designación judicial del perito o haya habido una admisión de la prueba en el procedimiento. Es por ello que el informe no debe ser valorado como una pericial, por tratarse de un documento emitido por una de las partes en el litigio y careciendo, por tanto, de imparcialidad; por no haber sido designado el EAI como perito por parte del órgano judicial; y, en tercer lugar, porque al no haber tenido el contribuyente la posibilidad de pedir explicaciones o aclaraciones sobre el informe, no puede merecer más valor que el de un documento administrativo.

• La AEAT vulnera con esta forma de actuar el principio de seguridad jurídica, en tanto el contribuyente, amparado por la norma, y tras haber invertido en ocasiones grandes sumas de dinero, y habiendo obtenido un informe vinculante de la Administración, con total confianza incluye la correspondiente deducción en la autoliquidación del IS que, posteriormente, la AEAT no solo cuestiona, sino que neutraliza, rechazando el gasto incluido en la base de la deducción, y haciendo caso omiso de la fuerza vinculante reconocida al informe motivado en el art. 35.4 TRLIS.

• Para finalizar, el TS sostiene también que el principio de personalidad jurídica única de la Administración queda comprometido cuando, ante unos mismos hechos, órganos diferentes de la Administración, aun partiendo de la personalidad propia de la AEAT, han llegado a conclusiones no solo distintas, sino antagónicas.

En nuestra opinión, aunque el TS hace hincapié en que sus pronunciamientos aplican a la redacción del artículo 35.4 vigente bajo el TRLIS, el Alto Tribunal ha esgrimido muchos argumentos en estas sentencias que son perfectamente trasladables a supuestos que hayan de aplicarse vigente la LIS del año 2014, pues
 

• resulta incuestionable que el órgano experto y competente para calificar qué es una actividad de I+D o IT es el Ministerio de Ciencia e Innovación (o un organismo adscrito a este);

• resulta igualmente incuestionable que el EAI no está capacitado, ni tiene competencia legal, para poner en tela de juicio la calificación de la actividad como actividad de I+D o IT hecha por el Ministerio de Ciencia e Innovación (o un órgano adscrito);

• la AEAT no puede, de facto, dejar sin efecto un informe vinculante emitido por el Ministerio de Ciencia e Innovación mediante la consideración de que ninguno de los gastos incurridos cualifica para la aplicación de la deducción, sino que habrá de limitarse a comprobar si los gastos están relacionados con el proyecto; si están debidamente registrados en la contabilidad, y si, por lo tanto, procede su inclusión en la base de la deducción.

• La AEAT actúa como parte en un procedimiento judicial y, por tanto, los informes realizados por ella misma no pueden ser considerados periciales en el transcurso del mismo, sino de parte, teniendo únicamente valor probatorio como documentos administrativos que son. Si la AEAT desea aportar una pericial deberá solicitar el correspondiente informe a un experto u organismo independiente, y solicitar posteriormente al tribunal su admisión como prueba.

En resumen, la jurisprudencia emanada de estas tres sentencias contribuye a aportar cierto grado de seguridad jurídica a un aspecto siempre cuestionado, como era el relativo a la fuerza vinculante que realmente tenían los informes motivados en materia de I+D+i. De ahora en adelante, es de esperar que los órganos de inspección deban soportar mejor por qué motivos no admiten la inclusión de ciertos gastos en la base de la deducción cuando el contribuyente ha acreditado que están relacionados con el proyecto, debidamente soportados y contabilizados.